Fue promovido en 1981 a la Arquidiócesis de La Habana como Arzobispo, el día 27 de diciembre tomó posesión de su nueva sede.

En una fiesta navideña con sus colaboradores más cercanos en el Arzobispado. 2014A su servicio como Arzobispo de La Habana se debe la creación de varias parroquias, la constitución del Consejo Diocesano de Pastoral, del Consejo diocesano de laicos, que agrupa a los distintos movimientos de la Arquidiócesis, la reconstrucción de más de cincuenta iglesias y casas parroquiales, el establecimiento de una Casa Sacerdotal que acoge a los sacerdotes de la Diócesis y de toda Cuba para reuniones, retiros o simplemente en sus días de descanso, la creación de un Centro Laical de reuniones, con biblioteca, capilla y habitaciones de huéspedes, la construcción de dos centros de encuentros y reuniones sobre todo para jóvenes, constituyen algunas de las principales acciones emprendidas por el Arzobispo, que siempre ha tenido una especial preocupación por el laicado y, dentro del mismo, por los jóvenes. A él se debe el establecimiento en 1991 de Caritas Habana, comenzando a existir de este modo Caritas Cuba; de igual modo creó en el 2011 el Centro Cultural “P. Félix Varela”, un centro destinado a la formación del laicado.

Escudo episcopal de Mons. Jaime Ortega.

Preocupación principal del Arzobispo han sido las vocaciones al sacerdocio. A él se debe la construcción en La Habana del nuevo Seminario San Carlos y San Ambrosio, que brinda sus servicios a todas las diócesis de Cuba, y que constituye la mayor construcción realizada por la Iglesia Católica en Cuba desde el año 1959. Ha ordenado a más de 40 sacerdotes, número modesto, pero significativo para una diócesis, en particular si tenemos en cuenta que a partir de los años 60s en Cuba la Iglesia ha tenido una acción pastoral muy restringida, situación que ha sido aliviada en los últimos años.